Недостатки гидропоники в сравнении с аэропоникой:

- недостаточное обеспечение корневой системы кислородом;

- стандартная скорость роста культуры и созревания урожая;

- развитие зеленых водорослей в застойной воде;

- отсутствие ярко выраженного вкуса у овощей и ягод;

- полученная гидропонным способом продукция не очень хорошо хранится и должна быть быстро употреблена в пищу или использована на переработку.

Растения, меньше всего пригодные для выращивания на гидропонике:

- Растения, которые образуют клубни или корневища - так как при неправильном поливе они очень быстро загнивают (например, цикламен).

- Недолговечные растения, которые придется слишком быстро заменять (например, экзакум).

- Растения, которые надо часто чистить: например, бегонию высокую или бальзамин придется все время очищать от увядших цветов или листьев, чтобы они не попали в питательный раствор.

- Растения, у которых очень быстро растут корни - так как придется часто их пересаживать (например, циперус или хлорофитум).

- Растения, для цветения которых необходима прохладная температура в период покоя. При этом температура питательного раствора становится ниже критической. Гортензия, кливия или азалия могут отреагировать на это загниванием корней.